以下はDebian Etchの場合です。
（１）ＶＰＮクラインアントとＵＳＢトークンドライバのインストール
ＮＳＭ株式会社から届いた、ＣＤ－ＲＯＭからインストール。
インストールスクリプトを実行する。
・注意
H21.3現在では、kernel 2.6.18のみ。
Etch-and-a-halfは、
ここのパッチをvpnclientにあてる必要がある
（２）ＶＰＮクラインアントとＵＳＢトークンの初期設定
証明書インポートコマンドを実行する
securenet-import-cert --cert /cdrom/Cert/Certp.p12 --pin [８桁のＵＳＢトークンパスワード]
・注意
別コンピュータでも（１）（２）項を実行してから、トークンを元のコンピュータに戻した場合、再度（２）項を実行する必要がある。
iptablesでインターフェースを指定している場合以下も必要
iptables -A INPUT -i cipsec0 -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -o cipsec0 -j ACCEPT
基金ソフトウエアのインストール
（３）IceweaselとJavaをインストール
sudo aptitude install iceweasel-l10n-ja sun-java5-plugin sun-java5-fonts
（４）Adobe readerのインストール
http://www.adobe.com/
よりAdobeReaderをダウンロードインストール
・注意
（３）（４）項を実行しないとiceweaselのpluginにならない
（５）支払基金から届いたセットアップCD-ROM（支払基金CD-ROM）
install.shを実行。途中で審査支払機関所在地を聞かれるので設定。
sudo mount /cdrom -o exec
（６）アイコンをIceweaselに変更、ブラウザ起動ファイルの変更を行う。
/usr/lib/iceweasel/icons/mozicon50.xpm に変更
/home/orcauser/ReceiptOnline/firefox/firefox.pr
#export PATH=~/ReceiptOnline/Acrobat7.0/bin:${PATH}
iceweasel ~/ReceiptOnline/toppage"$1"/top.html
（７）ブラウザへ証明書をインポート
Iceweaselの「編集」「設定」「詳細」「暗号化」「証明書」「自動的に選択する」をチェック。
「証明書を表示」「認証局証明書」「インポート」で支払基金CD-ROMにある、receipt-online-ca.cerを使う。
”名前のない認証局”が行う認証のうち、信頼するものを選択して下さい。
３つともチェックする。
（８）Ｊａｖａ実行環境へ証明書をインポート
JRE証明書「セキュリティ」「証明書」「署名者のＣＡ」「ユーザ」「インポート」で支払基金CD-ROMにある、receipt-online-ca.cerを使う。
（９）電子証明書のダウンロード
「オンライン請求・都道府県のアイコン」「証明書ダウンロードサイト」「ユーザＩＤ」「パスワード」でディスクに保存。
（１０）ブラウザへ電子証明書をダウンロード
Ｉｃｅｗｅａｓｅｌの「編集」「設定」「詳細」「暗号化」「証明書」「自動的に選択する」をチェック。
「証明書を表示」「あなたの証明書」「インポート」でダウンロードした電子証明書使う。パスワードは支払基金からの書類に同封されている「電子証明書インストールパスワード」を使う。
注意１
マスターパスワードの変更の画面が表示された場合、間違ってもパスワードを入れてはいけない。入れてしまった場合、$home/.mozilla/firefox/のフォルダを消すと現状復帰できるが、ブックマーク等の情報が消える。どれかのファイルのみ消せば良いのだが特定できなかった。
「証明書と発行者名」欄の文字列が「発行元」（オンライン請求ユーザ設定情報（電子証明書取得に関する情報））と一致するかどうかを確認する。
（１１）Ｊａｖａ実行環境に電子証明書をインストール
「ＪＲＥ証明書」「セキュリティ」「証明書」「クラインアント認証」「ユーザ」「インポート」ダウンロードした電子証明書を選択。
パスワードは支払基金からの書類に同封されている「電子証明書インストールパスワード」を使う。
発行元の文字列が「発行元」（オンライン請求ユーザ設定情報（電子証明書取得に関する情報））と一致するかどうかを確認する。
・注意２
最初の「パスワードの要求 インポート」のみ電子証明書インストールパスワードを入れること。
２回目の「パスワード」には、決して何も入れてはならない。
ここで設定を間違うと、
Javaのエラー「セキュリティ例外」に悩まされることがある。
$home/.java/deployment/security/* のファイルを削除して、再度設定。